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La Gates Foundation montre-t-elle le chemin en demandant de déposer des preprints pour les projets qu’elle finance ?

C’est une news du 1 avril 2024 dans Science qui nous informe de la décision de la Fondation Bill & Melinda Gates. De nombreux articles ont commenté cette politique, par exemple Nature, Pour toutes les recherches financées par la fondation, à partir de 2025, les chercheurs devront déposer des preprints pour leurs résultats (manuscrits qui […]

Enquête Inserm sur Intégrité et éthique de la recherche : les pratiques discutables sont fréquentes

Le GEMASS (Groupe d’Etude des Méthodes de l’Analyse Sociologique de la Sorbonne) est une unité mixte de recherche (UMR 8598) associée à Sorbonne Université et au Centre national de la recherche scientifique (CNRS). Ils ont fait une enquête en 2022 auprès des personnels du Cnrs, et maintenant, c’est l’Inserm. Le rapport 2024 de cette enquête […]

Cas n° 15 : Vais-je supprimer des données pour plaire au directeur du département et au financeur ?

Assurer des ressources pour poursuivre mes recherches J’ai rendez-vous avec le directeur du département pour lui montrer les résultats de mes recherches. Je sais que quelques observations ne donnent pas les résultats attendus. Je montre les données au directeur et nous travaillons sur les données. Le tableur est sur l’écran de l’ordinateur. Après réflexion, mon […]

COVID-19 : les préprints d’essais cliniques publiés ultérieurement dans des revues à comité de lecture sont un peu améliorés par le peer-review

BMC Methodological Research Methodology a publié début 2024 un bon article de nos collègues du centre d’épidémiologie clinique de l’Hôtel-Dieu, Paris. L’objectif a été de comparer des preprints aux articles ensuite publiés dans des revues. Ce sont des préprints d’essais contrôlés randomisés (ECR) qui ont été étudiés. Méthodes bien décrites,… je passe. J’ai regardé les […]

Cas IS n° 12 : Choisir un test statistique qui donne un résultat significatif

Après les conflits d’auteurs, les citations inappropriées, les problèmes de stat sont fréquents Je commence l’analyse de mes données. J’ai utilisé des méthodes statistiques, essentiellement des tests prévus au départ dans le protocole La signification statistique est peu satisfaisante : les résultats sont non significatifs ou très peu significatifs donc je n’arriverai probablement pas à […]

Formation des IPA (Infirmiers en Pratiques Avancées) à la rédaction scientifique

Améliorer l’accès aux soins en diversifiant l’activité des soignants peut se faire par le développement des infirmiers en pratique avancée (IPA). Nous avons vu avant-hier que les IPA publiaient, avec un exemple de publication dans une revue de rang A. Hier, nous avons vu que l’arrivée de nouveaux acteurs qui seraient auteurs d’articles posaient quelques […]

La formation des IPA (Infirmiers de pratique avancée) comprend l’apprentissage à la recherche

Nous avons vu hier la JIRSI 2023 qui s’adresse aux professionnels paramédicaux ayant des activités de recherche clinique. Parmi eux, il y a les IPA (Infirmiers de pratique avancée), profession qui doit trouver sa place dans les organisations de soins. Il y a 1600 IPA en France, et s’intégrer dans un système oblige de se […]

La JIRSI 2023 du GIRCI IDF : quelques explications sur ces initiatives très intéressantes

J’ai eu l’honneur d’être invité lors de la journée du 28 novembre 2023 du GIRCI IDF. Il y a sept groupements interrégionaux pour la recherche clinique et l’innovation (GIRCI) en France. Le GIRCI IDF (Ile de France) fédère et anime un collectif de plus de 30 établissements de santé et représentants de professionnels de santé […]

Enquête auprès d’étudiants et jeunes chercheurs sur leurs pratiques de l’intelligence artificielle pour leur formation

Je n’ai pas pour habitude de relayer des demandes d’enquêtes, mais celle ci me paraît originale et utile pour comparer la France aux autres pays dans le domaine de l’IA (Intelligence Artificielle). Elle provient de la meilleure équipe de journalologie au Canada, dirigée par David Moher. Le centre de journalologie est à Ottawa et a […]

La recherche chirurgicale s’adapte trop lentement aux pratiques de la science ouverte

C’est une courte lettre de recherche dans JAMA surgery en décembre 2023 évaluant l’adoption de la science ouverte par les milieux académiques. Désolant car le retard est grand par rapport à certaines disciplines. Ce sont 8 journaux de chirurgie qui ont été analysés : JAMA Surgery, Annals of Surgery, British Journal of Surgery, Journal of […]

Cas IS n° 5 : Modifier la dose du produit testé en cours de l’expérimentation

Protocole de recherche avec une dose insuffisante du produit testé J’étudie les relations entre de microdoses de champignons hallucinogènes et la créativité chez l’homme. L’investigateur principal a obtenu l’accord du comité de protection des personnes (CPP). Après les premières expériences lors d’un festival de musique, mon superviseur me fait remarquer qu’il faudrait utiliser une dose […]

Bonne ressource : COAR pour Confederation of Open Access Repositories

Confederation of Open Access Repositories (COAR) Le site de COAR est riche en informations utiles.Ce site veut répertorier toutes les plateformes permettant d’archiver des documents. Je cite : ‘COAR is an international association with over 130 members and partners from around the world representing libraries, universities, research institutions, government funders and others. COAR brings together […]

Beaucoup de bruit pour rien ? Discordance entre les données disponibles sur l’effet antiviral de l’hydroxychloroquine en mars 2020 et son inclusion dans les essais cliniques COVID-19 et les prescriptions ambulatoires

Le titre de ce billet est la traduction du titre d’un article publié en décembre 2023 dans Public Health, par quatre auteurs grenoblois. C’est simple mais très justement accusateur d’une communauté infantile, car incapable d’évaluer les données de la littérature. La base de la démarche scientifique est simple : avant de commencer des essais cliniques […]

Cas IS n° 1 : Composition d’une équipe de recherche et diversité

Ajouter une femme dans mon projet ? Je termine la rédaction d’un projet de recherche pour demander un financement de type PHRC (Programme Hospitalier de Recherche Clinique). Le projet devrait être accepté car il correspond bien à l’appel à projet. Il doit être soumis demain. Une partie importante consiste en la description de l’équipe de […]

Une recherche responsable : achetez-le vite pour le distribuer à vos collègues

Ce petit livre est merveilleux : didactique et bien présenté avec des illustrations. Sur le fond aussi, il est bon car il reprend les points majeurs pour bien comprendre les principes et règles de la recherche responsable, terme plus constructif que l’intégrité scientifique logiquement placé en sous-titre. Bonne description des pratiques discutables Outre la fraude (Fabrication, […]

Le CNCR fait de la bonne bibliométrie et c’est génial : après la cancérologie, ce sont les neurosciences et la neurologie

Les magouilles des publications, les cartels de citations, le dieu facteur d’impact et autres contes de fées nous font oublier l’utilité de la bibliométrie. Un bon exemple est le travail de la cellule bibliométrie du CNCR. Explorer ce site est très intéressant. Vous découvrirez l’équipe et les méthodes de travail. Recherche sur le cerveau et […]

Reproductibilité : 246 biologistes ont eu des résultats différents à partir de la même base de données

C’est rare qu’un preprint fasse l’objet d’une news dans Nature...  Ce preprint a été vite repéré et les journaux doivent solliciter les auteurs pour le publier. Ce preprint a été déposé le 11 octobre 2023 sur la plateforme EcoEvoRxiv. Il s’agit d’une grande étude de reproductibilité dans le domaine de l’écologie. Il y a plus […]

Une science que l’on ne peut croire : résultat des indicateurs bibliométriques et de la course entre universités

C’est une opinion simple en deux pages dans le British Journal of Medicine, le 17 août 2023. C’est la synthèse d’une présentation de mai 2023 par Ivan Oransky à l’université de Stanford. Combien vaut une citation ? Trois, six ou 100 000 US $ ? Les trois chiffres sont faux, mais tout dépend de l’évaluateur. […]

Comment définir ‘Données probantes issues de la recherche’… je ne m’étais jamais posé la question…

Comme certains de mes collègues, je sais ce que sont des données probantes, mais pour les définir, je ne me suis jamais posé la question. En biomédecine, nous avons été éduqués avec les concepts de niveau de preuve et de données factuelles… Il est sous-entendu parfois que seul l’essai randomisé contrôlé est une méthode permettant […]

Alzheimer : le business des médicaments continue avec les dérapages américains car les anticorps monoclonaux ne font pas mieux que les vieux médicaments

Ce point de vue publié dans le JAMA Internal Medicine de fin juillet 2023 est-il un coup d’épée dans l’eau ? Nous ne sommes pas tous au fait des nouveaux traitements, mais lire ces deux pages ne surprend pas. Aux Etats-Unis, la mise sur le marché des médicaments est une décision conjointe des politiques (représentants […]

Bravo aux australiens qui se basent sur la qualité plutôt que compter des haricots pour évaluer la recherche

En 2019, j’ai été impressionné par la conférence plénière d’Alan Finkel lors du congrès mondial de l’intégrité scientifique à Hong Kong, sans diapos mais passionnant. L’anglais est facilement compris et de nombreuses données exposées lors de cette conférence sur l’état catastrophique de la recherche… la mauvaise reproductibilité, les rétractations, etc… Je l’ai ré-écoutée avec plaisir. […]

Des outils foisonnent pour les chercheurs (publication, documentation, réseaux). PubMed bientôt dépassé ?

Je ne peux pas suivre tant les initiatives sont foisonnantes dans le domaine de la recherche. Des outils pour chercheurs arrivent et d’autres disparaissent. Certains sont pérennes et s’installent dans la recherche. L’intelligence artificielle (IA) va changer rapidement nos habitudes Les plus-in obligatoires Ce sont parfois de plug-ins a ajouter à son ordinateur, ou des […]

La reproductibilité des études publiées : on en parle, mais peu d’études existent

C’est une scoping review publiée par eLife en juin 2023, et faite sous l’égide des équipes canadiennes de David Moher. Le champ de cette recherche est limité à deux années (2018 et 2019). Comparés aux plus de 3 millions d’articles publiés pendant ces deux années, l’attention portée à la reproductibilité est faible. La course à […]

Allouer de l’argent pour des publications : système bizarre peu usité dans le monde

C’est une alerte de Nature du 16 juin 2023 qui commente une news sur les attributions d’argent aux chercheurs tanzaniens qui publient dans des revues de forte notoriété. La news du 6 juin a pour titre : « Tanzania’s researchers offered US$22,000 to publish in international journals » et pour sous-titre : »The move is designed to encourage […]

COVID-19 : Mortalité des républicains plus élevée que celle des démocrates (quand le vaccin était disponible)

C’est grâce à Science & Pseudosciences et C Hill, numéro 344 d’avril 2023, que j’ai découvert cette image et je suis allé lire la source. Dans S&PS, page 98 : Corrélation entre mortalité Covid-19 et préférences politiques aux Etats-Unis. Voici l’image (corrélation n’est pas causalité) : Différences de mortalité (en pourcentages) par rapport au même […]

Citer une revue systématique dans les articles des essais randomisés : oui, mais les bonnes sont très rares

Cela fait longtemps que des instructions aux auteurs de revues incitent à lier essais cliniques randomisés (ECR) et revues systématiques (RS). Une bonne pratique serait ce citer une RS dans l’introduction d’un article sur un ECR. Dans la discussion, il faut dire ce qu’un essai apporte à des RS. Par exemple, les instructions du Lancet […]

Les études stériles des traitements COVID-19 sont peu médiatisées

C’est la loi de la science : les études stériles n’ont pas la médiatisation des pseudo-études des gourous divers et variés. La preuve scientifique demande du temps pour avoir des données probantes… mais cela n’intéresse pas les médias. Notons surtout que contrairement à ce que disent de nombreux collègues, les revues scientifiques publient des études […]

Proscrire l’utilisation des facteurs d’impact des revues (Académie des sciences)

En 10 ans, tout avance car l’Académie des sciences a été un précurseur (janvier 2011) pour le bon usage de la bibliométrie pour l’évaluation individuelle des chercheurs. L’Académie n’est pas seule, mais changer les comportements est long et utiliser la science ouverte pour cela est une bonne idée, sauf que l’on avait pas besoin de […]

Le nombre de citations et les facteurs d’impact des revues ne rendent pas compte de la qualité de la recherche !

J’ai repris comme titre de ce billet une partie du titre de l’article publié le 17 août 2022 dans la revue Royal Society Open Science, à savoir : Le nombre de citations et les facteurs d’impact des revues ne rendent pas compte de certains indicateurs de la qualité de la recherche en sciences du comportement […]

Appel à considérer l’intégrité scientifique comme une  nouvelle discipline : prudence !

L’article paru dans Médecine/Sciences avec le titre ‘L’intégrité scientifique. Vers une nouvelle discipline universitaire contre les dérives ?‘ est intéressant et utile. Les publications sur l’intégrité augmentent, bonne nouvelle. Les points de cet article : 14 % des chercheurs auraient falsifié des données et 72 % auraient eu recours à des pratiques discutables en recherche […]

Peer-Review Congress J3: Partage des données.. tout le monde d’accord, mais cela ne marche pas

Session gérée par le nouveau rédacteur du BMJ, Kamran Abassi. La présentation de Daniel G Hamilton (Melbourne, Australie) sur Frequency of Data and Code Sharing in Medical Research: An Individual Participant Data Meta-analysis of Metaresearch Studies avait une conclusion simple : Une analyse préliminaire suggère que le partage de données et de codes en médecine […]

Peer-review congress J2 : Dissémination des résultats des essais cliniques… des financements publics gaspillés ?

Une présentation rassurante à partir de 240 essais cliniques présentés lors de 12 conférences en 2016. Auteurs américains et le titre Analysis of Reporting Consistency Between Clinical Trials Presented at Major Medical Conferences, Their Corresponding Publications, and Press Releases. Tout n’est pas parfait, mais une conclusion positive : Cette étude démontre que les essais présentent […]
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